轉基因油脂是以轉基因油料為原料生產的油脂。轉基因食品安全在國際上眾說紛紜，其對人體健康是否有影響，科學上還沒有定論。由于我國并不限制使用“轉基因”原料，生產廠家選擇“轉基因”原料生產主要還是出于成本考慮。目前，我國市售的轉基因油脂主要是大豆油。
　　
       目前很多國家對轉基因食物的態度都非常謹慎。如歐盟等一些國家盡管允許某些轉基因成分在食物中使用，但當歐盟的法律收緊后，實質上禁止了任何新的轉基因食物。挪威是全世界監管轉基因食物最嚴格的國家，政府禁止數種含有轉基因作物及制品進口，政府亦執行轉基因標簽制度。日本自２００１年４月１日所有的轉基因食物都規定必須經過安全檢驗，執行強制性標簽制度。我國食油的國家標準中規定，轉基因油脂須在標簽中標識。

"食用油脂中是幾乎不含轉基因成分的",中國糧油學會油脂分會會長王瑞元在參加行業學術討論會時，講述了食用油與轉基因之間的微妙關系："轉基因主要是存在于蛋白質中，各類油料無論是通過壓榨還是浸出工藝制油，蛋白最后是分離到油料餅粕中，食用油脂通過精煉處理后基本不含有蛋白，油脂中是檢測不出轉基因成分的。" 

　　西安油脂科學研究院的科技工作者在國內率先完成了“轉基因大豆油的安全性研究——動物實驗”。經對比分析認為，轉基因油料、油脂在特征指標和脂肪酸組成上與非轉基因油料、油脂無明顯的差別。動物急性、長期毒性實驗結果表明轉基因大豆油和棉籽油未發現毒性。