“十一五”期間，新疆全面推進種子管理體制改革和深入實施種子種苗工程建設，通過多項政策的扶持激勵和廣大種業界的努力，種子產業在為全省高效生態農業發展提供有力的科技支撐的同時，自身也取得了長足發展，涌現出一批優勢骨干種子企業和市場表現優秀的農作物良種。但總體上看，該省種業仍處在初級發展階段，制約發展的問題還較多，提高種業競爭力水平的難度還較大，主要表現在以下幾方面。

　　1.1　經營規模偏小，總體競爭實力仍較弱　與世界發達國家和全國種業發展水平相比，新疆種業的市場集中度明顯不足，經營主體規模偏小，整體實力十分薄弱。從企業規模來看，我國8700家種子企業中，注冊資本3000萬元以上的僅有200多家，而新疆143家持證企業中，注冊資金500萬元的有26家，1000萬元以上的有9家，3000萬元以上的只有2家，僅有勿忘農一家企業進入了中國種業50強（2006年），產業整體規?；礁?。從銷售額來看，世界10強種子企業在世界種子貿易額2100億元中所占份額達35%，而我國前10強種業企業同期只占全球種子市場銷售額的0.8%，2008年新疆年銷售額超5000萬元的種子企業只有1家，種子經營額前4位的經營額合計1.78億元，約占全省種子經營總額的48%，不足全國的1%，新疆種業發展的滯后與競爭力不足，可見一斑。

　　1.2　發展機制不順，自主創新能力差距大　2006年以來，新疆開展了種子管理體制改革，但機制體制不順的問題仍然嚴重，整個種子產業鏈條是斷裂的、不完整的，科研育種與生產“兩張皮”^[1－2]，無法與市場真正有效地結合。由于產學研分割、育繁推脫節，企業育種研發體系不完善甚至沒有，難以形成核心競爭力，而科研人員則一心兩用，既要搞研究，又要搞市場，科技創新能力難以提高，大多數企業淪為種子貿易公司，而為了爭奪好的品種，種子市場經常出現“品種饑渴癥”。該省“0406”水稻育種計劃通過建立專門的協調機構、專項經費和定期考核制度來強力打通部門之間的障礙，成效明顯，但這種做法畢竟不是長久之策，也不可能代替所有的市場行為。

　　1.3　經營理念落后，產業發展潛力顯不足　我國種業市場化的每一步都受到了計劃經濟的影響，這使得國內企業的種子營銷觀念和營銷手段非常落后，也進一步拉大了國產種業和外資種業的差距^[3]。杜邦和孟山都等跨國種子公司，一方面非常重視種子研發投入，每年投入達10億美元左右，占銷售總收入的近10%，甚至接近20%，另一方面特別重視農戶，采取多種方式，如通過現場會等來培訓和教育農民，且幾十年如一日，杜邦先鋒的玉米，孟山都的轉基因育種，歐洲、以色列、荷蘭等的蔬菜、花卉，都形成了各自專業領域內巨大的競爭優勢。反觀目前新疆的種業市場，基本上還是“計劃經濟的行政管理＋初期階段的市場經濟＋法制無助的消費群體”^[4]，新疆種子企業中，除勿忘農、新疆農科種業和寧波種子公司等有限的幾家種子企業擁有研發機構外，其他種子企業“寧買品種，不搞研發”，重購買、輕研發的觀念仍然普遍，加之缺乏長遠戰略眼光和市場競爭經驗，種業發展潛力受到嚴重削弱。

　　1.4　扶持保護乏力，持續發展動力受制約　與跨國種業巨頭相比，無論是營銷規模，還是研發投入，都遠非國內種子企業所能企及，這種形勢下，新疆種業的可持續發展必須要依靠政府宏觀政策的扶持和保護。從財政投入來看，新疆支持種子種苗的資金多年沒有增長，2006－2010年省種子種苗專項中安排用于農作物種質資源項目的總投資為2818.47萬元，其中省投資2060萬元，平均每年僅400萬元左右，由于科研經費不足，影響到科技創新的積極性和能力提升，也影響到原種場、良種場和種苗場等的建設，削弱了種苗生產供給能力，使新疆部分農作物和水產名特優品種供求矛盾突出。尤其需要重視的是，種業基地建設后續管理資金的投入跟不上，種質資源收集、保護和開發專項經費尚未設立，保護本省種業發展貿易政策仍然空白等，都不利于新疆種業的健康可持續發展。
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