在水土資源約束加劇、抗災減災風險增大、政策支撐日益繃緊的情況下，要保障國家糧食安全，保證主要農產品有效供給，農作物種業被寄予厚望。問題是，在90%以上的種子公司沒有研發能力的情況下，我國種業企業該如何挑起創新大梁？對此，一些代表、委員給出了自己的建議。
　　
　　選育有市場競爭力的新品種，才能使種企利益最大化
　　
　　“目前，我國新品種的生產和推廣主要是靠種子企業，因此一個審定的新品種能否進行生產和推廣，主導權是在企業。”登海種業董事長李登海代表認為，發展農作物種業，必須認清我國種子市場發展的這一重要特征。
　　
　　作為僅次于美國的第二大種子市場，我國種子市場規模超500億元，卻沒一家企業能與國外種業巨頭叫板。安徽省種子協會副理事長李愛青代表介紹說，目前，安徽省真正達到育繁銷一體化的種子企業僅占2%左右，90%以上的企業沒有比較優勢。
　　
　　“沒有好品種，特別是沒有具有市場競爭力的品種，一個種業公司是發展不起來的。”李登海說，“選育具有市場競爭力新品種，才能使種子企業利益最大化。”
　　
　　然而長期以來，我國育種的主體一直是科研院所。國務院去年出臺的種業發展意見，明確企業作為商業化育種的主體這一方向，強調要將商業化育種從科研院所中剝離出來。
　　
　　西北農林大學校長孫其信代表說，真正的商業化育種是按企業的盈利模式組織的育種。“如果企業能有效組織起育種研究的話，那么能力一定比科研院所要強。”
　　
　　把創新要素聚集到企業，最重要的是公平的市場環境
　　
　　“改革的思路，就是要下力氣推動以企業為主體的自主創新，把創新要素聚集并有機地整合到企業。”北京市農委副主任李成貴委員表示。
　　
　　“體制的問題是核心。”李登海感慨道，“要調動企業在品種研發上的積極性，必須創造一個公平正義的市場環境和法制環境。”
　　
　　“做大做強種業企業，必須進行機制體制上的調整，這是一個長期的過程，而一些政策的放開則能起到立竿見影的效果。”李愛青分析說，政策應該在明確企業作為科技創新主體的基礎上，通過補貼專利申請費用、讓企業承擔科研項目等方式，創造條件提升其研發能力和競爭能力。
　　
　　廣東省農業廳副廳長程萍委員認為，我國種企在積極培育自身實力的同時，還應積極擴大對外合作，引進國外先進的科研管理、育種技術，加強育種材料的交流，同時積極參與國際競爭。
　　
　　加強種業創新能力，必須轉變人才培養和考評機制
　　
　　“加強種業創新能力，還必須重視創新人才特別是育種人才的培養。”孫其信說。他建議在大學中開設育種學博士的專業學位，解決上中游科研成果轉變的瓶頸，并由國家和企業雙方拿資金培育育種人才。
　　
　　同時，要推動科研院所的育種人才向企業有序流動。孫其信認為，目前，大多數科研院所的育種專家對去企業沒有動力，很大程度上是因為人事和社會保障等方面沒有制度保障。他建議加快出臺包括人才政策、知識產權政策、社會養老保險政策等在內的一攬子導向明確的政策。
　　
　　“目前的評價和獎勵制度，直接影響到科研創新的模式和能力。”李登海建議，加速建立以企業為中心的創新主體，需要打破育種中的“個體戶模式”，建立創新團隊并健全相應的監管體系。
　　
　　孫其信同樣建議在考核和獎勵政策上進行相應的調整。“國家應該對科研院所進行扶持，改變科研評價和獎勵體系中重品種培育輕種質資源發現的傾向，建立穩定的種質資源發現支持體系和信息共享平臺。”